日本脳炎ウィルスに感染し、中枢神経（脳や脊髄など）に障害が起こる病気です。
豚の体内で増殖したウィルスが蚊を介して感染し、発症します。
1週間程度の潜伏期間を経て高熱や頭痛、嘔吐、意識障害、けいれんなどの症状があらわれます。
脳炎にかかった場合の死亡率は15％と高く、助かったとしても約半数の人が重い後遺症を残します。
現在も日本脳炎ウィルスを媒介する蚊は多く生息し、年間10人ほどの患者が出ています。
また、世界では今もなお年間3～4万人の患者が出ているのです。

日本脳炎の予防接種は皮下注射です。
現行のワクチンは日本脳炎ウィルスを感染させたマウス脳の中でウィルスを増殖させ、高度に精製しホルマリンなどで不活化したものが使われています。
しかし、製造過程において微量ながらマウスの脳組織成分が混入する恐れもあり、これによって重篤な副作用（急性散在性脳脊髄炎など）が生じる可能性も。
そのため、国は低リスクのワクチンに切り替えるまで日本脳炎の予防接種を推奨しないことにしています。
とは言え日本脳炎の予防接種が定期接種から外れたわけではありません。
対象期間（生後6ヶ月～7歳半）であれば、これまで通り公費（無料）で受けられます。
1期1回目の接種後1～2週間あけて2回目を接種し、そのあと約1年あけて4歳のときに追加1回接種します。これによって、基礎的な免疫がつくことになります。

副反応として接種部位の腫れや発疹、発熱などがみられます。
また、70～200万回に1回の割合で急性散在性脳脊髄炎（ADEM）が生じることも。
これはワクチン接種後数日～2週間程度の間に発熱や頭痛、けいれん、運動障害などの症状があらわれます。
ステロイド剤などの治療により完全に回復する例が多いことから良性の疾患とされていますが、神経系（運動障害など）の後遺症が10％程度にあるとされています。

予防接種を受けるにあたっての注意というよりも、むしろ日本脳炎にかからないための注意が必要です。
日本脳炎の感染源はそのウィルスを媒介する蚊なので、刺されないよう工夫しなければなりません。
一般的な注意として戸外へ出かける際は肌の露出を避け、長袖・長ズボンを着用するようにしましょう。
また、虫除けスプレーや網戸の使用をオススメします。蚊の発生を減らすためにも、住居 周辺には水溜りを作らないよう心がけることが大切です。

現在、日本脳炎のワクチンは積極的に薦められていません。
しかし、接種を必要としている人（流行地域への旅行を予定しているなど）や希望している人は従来どおり受けることが可能です。
ただし、地域によっては安全性が確認されるまで接種中止というところもあるので、接種前にかかりつけ医もしくは保健所に問い合わせてみてください。